习惯性流产可能是免疫排斥的一种形式
引起习惯性流产的原因比较复杂，而且经常是多种因素共同所致。目前比较明确的病因包括遗传因素，如胚胎染色体的异常。这种流产多发生在妊娠8周以内，大约占习惯性流产的4.5%-25%。内分泌因素约占13%-20%，包括卵巢黄体功能不全等，也是早期流产的常见原因。生殖器官异常，比如子宫发育不良、宫颈内口功能不全症等，多引起晚期流产，约占12%-15%。2%的原因是感染因素，像病毒或细菌感染，一方面可以导致胚胎的发育异常，另一方面可引起生殖器官的炎症，不利于受精卵的着床。
目前虽然对引起习惯性流产的部分病因及发病机制的认识已经比较深入，但是仍然有40%左右的流产原因是不为我们所知的。随着生殖免疫学研究的不断深入，人们发现，免疫因素在生殖过程中具有非常重要的作用，因为从免疫学的角度看，胎儿身体里有来自父母双方的遗传基因，对母体来说，它是一个只有部分相似的“半同种移植片”。只有胎儿能阻止母体对它出现的有害免疫反应，才能在妈妈的肚子里待足月份，顺利地降临人世。因此，按照免疫学的观点，流产也是一种免疫排斥反应。